在公司工作时患职业病，以下特殊情况或例外情形可能会影响处理结果：
1. 新纳入目录的职业病：若工作期间所患疾病起初不在国家职业病目录内，后续被新纳入，会影响职业病认定。原本无法认定的，可能因目录调整符合条件，公司的赔偿责任也随之产生。
2. 用人单位未提供必要检测数据：公司若未依法提供工作场所职业病危害因素检测数据等诊断所需资料，会阻碍职业病诊断的进行。劳动者可向卫生行政部门投诉，由其督促公司提供；若公司仍不提供，可能承担相应法律责任，同时也会影响后续工伤认定和赔偿的进程。
3. 劳动者存在非职业因素：若劳动者所患疾病经查明存在自身生活习惯等非职业因素，且该因素是导致疾病的主要原因，会影响职业病与工作因果关系的认定，进而影响公司赔偿责任的大小或有无。
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关于在公司工作时患职业病公司是否要赔偿，可依据《中华人民共和国职业病防治法》进行分析。
《中华人民共和国职业病防治法》（2018年修正）第二条明确规定：“本法所称职业病，是指企业、事业单位和个体经济组织等用人单位的劳动者在职业活动中，因接触粉尘、放射性物质和其他有毒、有害因素而引起的疾病。职业病的分类和目录由国务院卫生行政部门会同国务院劳动保障行政部门制定、调整并公布。”在公司工作的劳动者，若所患疾病属于上述法律定义的职业病（即被列入国家规定的职业病目录），且是在职业活动中因接触有毒有害因素导致，那么公司作为用人单位就有赔偿的法律义务。因为该规定确立了职业病的法定范围和用人单位的责任前提，符合条件的职业病，公司赔偿具有明确法律依据。
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在公司工作时患职业病后，不少人会因操作不当影响维权，以下是常见错误操作行为：
1. 拖延职业病诊断申请：部分劳动者身体不适后，未及时前往有资质的机构申请职业病诊断，导致错过最佳诊断时机，也可能因时间过长使职业危害接触史难以核实，影响职业病认定。
2. 忽视证据收集保存：不重视保留职业史、工作场所危害因素接触记录、医疗记录等关键证据，等到维权时才发现证据缺失，无法有效证明职业病与工作的因果关系，导致维权困难。
3. 未及时申请工伤认定：拿到职业病诊断证明书后，未在法定时限内（诊断之日起1年内）向社会保险行政部门提出工伤认定申请，超过时效可能会丧失通过工伤认定主张赔偿的权利。
如果你不确定自己是否存在上述错误操作，或者想了解如何弥补，可以咨询我，我会为你提供解答。
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在公司工作时患职业病，处理过程中可能面临以下法律风险点：
1. 诉讼时效风险：根据相关规定，需在职业病诊断之日起1年内提出工伤认定申请。例如，某员工在公司工作期间确诊职业病后，因忙于治疗等原因超过1年才申请工伤认定，社会保险行政部门可能会以超过时效为由不予受理，使其无法通过工伤认定程序获得赔偿。
2. 证据链风险：缺乏完整有效的证据可能导致无法认定为职业病。比如，在公司工作的劳动者虽怀疑自己患职业病，但无法提供具有资质的医疗机构出具的职业病诊断证明书，或者不能提供详细的职业史和职业病危害接触史记录，就难以证明疾病与职业活动的因果关系，从而无法获得公司赔偿。

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